2005年初頭の打上げをめざして、2001年4月にASTRO-EII計画がスタートし、6月7日に第1回の設計会議を行った。ASTRO-E以来ずっと参加しているメンバー、今回新しく参加するメンバー、それぞれに会議途中で写し出されたASTRO-E衛星の鹿児島クリーンルームにおける写真を前に、これをもう一度作るんだ、という新たな決意を感慨とともに持った会議であった。

ASTRO-EIIはASTRO-Eと同じものを製作することを基本とし、プロトモデルを製作せずフライトモデル（FM）を4年で製作する。しかし、ASTRO-Eの設計を開始してからすでに10年近く経過しているため、入手不可能な部品が多数でてきてしまっている。このためある程度の設計変更は避けられない。一方、観測装置からは、可能な範囲で改良を行い科学的な成果を少しでも大きくしたいという希望もある。これらの設計変更が詳細に検討され、2回目の設計会議で衛星全体に関わる主要な検討項目は収束した。